Según la mitología, Mykonos quedó con ubicación después de la batalla entre Zeus y los Gigantes. Los cuerpos petrificados de los gigantes que Hércules mató y formó Mykonos. Una tradición posterior atribuye el nombre de la isla a un héroe por el nombre de Mykonos, el hijo del rey Mítico de Delos Anios quien era un descendiente del dios Apolo y la ninfa Río. Durante estas veces antiguas, Mykonos, debido a su proximidad a de la entonces isla sumamente poblada de Delos (situada a unos 2km lejos), se hizo muy importante como la huida para ciudadanos Delian.

Los primeros residentes de la isla eran Cuidado, Fenicios y cretenses pero Iones posteriores vinieron de Atenas a Mykonos en el siglo IX aC. Al principio, la isla tenía dos ciudades principales: Mykonos sobre la costa occidental, donde la ciudad está hoy, y Panormos sobre la costa norte. A raíz de las Guerras persas, la isla estaba en una decadencia financiera, que era evidente de la pequeña contribución a la Coalición Athenian en la cual esto perteneció.

Después del destino del resto Ciclades  vino el control espartano seguido del macedonio, el Ptolemeans de Egipto, y finalmente los Romanos. Durante las Guerras Mithredatian la isla experimentó una catástrofe principal. La era Bizantina Mykonos perteneció en el Egeo Thema y en la Edad Media esto vino bajo la autoridad de los hermanos Gizi hasta su muerte. Entonces esto pasó en el control de Venecia hasta el saqueo de Barbarosa y directamente después de que fue dirigido de los turcos.

Después de esto la isla se hizo una influencia naval y durante el siglo XIX esto era un foco pirata. Durante un pequeño período (1770-1774) los rusos lo dominaron. Durante la revolución griega de 1821 la población participó activamente, y Manto Mavrogenous se hizo un héroe nacional. Inmigrantes finalmente griegos vinieron a las islas y esto más tarde vino conforme a la regla griega. Mykonians son marineros célebres y una flotilla interesante puede ser vista en los muelles en Chora (la ciudad principal de Mykonos). Varias personas dicen que usted no ha visto Grecia antes de que usted haya visto Mykonos. Durante 1933 los primeros visitantes aparecen  y se debe visitar el lugar arqueológico a la isla sagrada de Delos y el Museo de Mykonos, mientras alrededor de mediados de años cincuenta, Mykonos comienza a transformarse en recurso cosmopolita turístico de años recientes, atrayendo a visitantes de todo el mundo.